在处理“请假一天扣两天工资加全勤”问题时，以下特殊情形会影响处理结果：
1. **未按程序请假**：员工若未提交书面申请或未经批准擅自离岗，公司可能主张其旷工，进而依据旷工处罚扣两天工资加全勤。但需判断该行为是否构成旷工，以及处罚是否合法。若公司规章制度明确规定未按程序请假视为旷工，且处罚规定经合法程序制定公示，仍可能因扣除两天工资超出合理限度而被认定违法。
2. **法定假期情形**：若员工请病假或产假，公司不得扣除工资和全勤奖。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，病假期间员工享有病假工资，全勤奖扣除不合法；产假期间员工享受生育津贴，公司同样不得扣除工资和全勤奖。此类情形下，公司扣罚行为必然违法，应优先适用特殊假期法律法规。
3. **劳动合同另有约定**：若劳动合同约定“请假一天扣两天工资加全勤”，需判断约定是否有效。根据法律规定，劳动合同约定不得违反《劳动法》“不得克扣工资”的强制性规定，若违反则条款无效；仅涉及全勤奖扣除且符合规章制度制定程序的，可能影响全勤奖部分的处理。
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面对“请假一天扣两天工资加全勤”时，员工常见错误操作可能损害自身权益，需警惕：
1. **默默忍受不维权**：部分员工因认为扣工资全勤奖是小事，或担心影响与公司关系而选择忍受，这会纵容违法行为，导致权益持续受损，还可能让公司变本加厉。
2. **采取过激对抗行为**：另一些员工得知权益受损后，采取旷工、消极怠工甚至破坏财物等方式对抗，不仅无法解决问题，还可能违反公司规章制度，甚至承担法律责任。
遇到此类情况，正确维权方式至关重要。若您不知如何合法有效维权，可咨询我为您提供解答，避免因错误操作陷入不利境地。
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判断“请假一天扣两天工资加全勤”是否合法，可依据《中华人民共和国劳动法》分析：
《中华人民共和国劳动法》第五十条明确：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 员工请假一天，公司最多扣除当天工资，扣除两天工资超出合理范围，属于“克扣工资”，违反该法条。关于全勤奖，《劳动法》第四条规定：“用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。” 公司扣除全勤奖需确保规章制度经民主程序制定（如经职代会或全体职工讨论、协商确定）并公示，否则扣除全勤奖的规定无效，行为亦不合法。综上，扣除两天工资直接违反《劳动法》第五十条，扣除全勤奖若不符合第四条规定的程序要求，同样违法。
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“请假一天扣两天工资加全勤”是否合法需结合具体情况判断，总体可能涉嫌违法，分情况说明如下：
- **扣两天工资的情形**：公司仅因员工请假一天就扣除两天工资，通常违法。根据规定，工资应按月支付，不得克扣，员工请假一天，公司最多扣除当天工资，扣除两天属于无故克扣。
- **扣全勤奖的情形**：若公司规定请假一天即扣全勤奖，需看全勤奖性质及规章制度合法性。若全勤奖属于工资固定组成部分，且公司未通过民主程序制定并公示相关规定，则扣除全勤奖不合法；若全勤奖是额外奖励，且规章制度经民主程序制定公示，扣除可能部分合理，但需确保整体工资支付不低于最低工资标准。

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